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Maladie chez les amphibiens: chytridiomycose et ranavirose

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Les populations d'amphibiens connaissent une régression dramatique dans le monde entier et leur survie est menacée. Les maladies infectieuses que sont la chytridiomycose et la ranavirose jouent un rôle clé dans ce déclin. Rien n'indique que ces maladies infectieuses soient nocives pour l'être humain. L'agent pathogène de la chytridiomycose est le champignon Batrachochytrium dendrobatidis, tandis que les agents pathogènes de la ranavirose sont les ranavirus. Ces agents pathogènes sont également présents en Belgique. Mais pour l'heure, nous ne connaissons pas encore leur impact sur les populations d'amphibiens dans notre pays.

La chytridiomycose, affection fongique, s’est fait une réputation de tueur notoire d’amphibiens. Cette maladie est la maladie infectieuse la plus grave que l’on n’ait jamais connue en termes de nombre d'espèces touchées. Deux champignons en sont responsables: Batrachochytrium dendrobatidis et Batrachochytrium salamandrivorans.

Le B. dendrobatidis (Bd) connaît plusieurs variantes (souches) et infecte un très grand nombre d’espèces d’amphibiens des trois ordres (grenouilles et crapauds, salamandres et amphibiens apodes aussi appelés gymnophiones). Ce champignon, qui a été décrit pour la première fois à la fin des années nonante, a infecté à ce jour plus de 440 espèces d'amphibiens dans le monde entier. Des experts, dont l’IUCN, le qualifient de ‘maladie infectieuse la plus grave jamais contractée par des vertébrés et une menace importante pour la biodiversité’. En Amérique du Nord, Centrale et du Sud, ainsi qu'en Australie, le Bd est à l’origine d’une perte importante de biodiversité, des dizaines d’espèces d'amphibiens ayant été décimées. Jusqu’à présent, la majeure partie de l’Europe, y compris la Belgique et les Pays-Bas, a été épargnée.

Dans nos contrées, le champignon est largement présent et il a été observé chez la plupart des espèces indigènes d’amphibiens. Cependant, la maladie ne se déclare qu’occasionnellement chez nous et n’a été observée que chez des Alytes Alytes obstetricans métamorphosés, sans toutefois causer de dégâts notables au niveau de la population.  Pour l’instant, il semblerait que le B. dendrobatidis et les amphibiens parviennent à vivre en équilibre dans le Nord-Ouest de l'Europe.

Le B. salamandrivorans (Bs) a été très probablement introduit assez récemment en Europe, peut-être par l’intermédiaire de salamandres asiatiques infectées. Contrairement au champignon apparenté B. dendrobatidis, précité, il ne semble pas que le B. salamandrivorans vive en équilibre avec nos populations indigènes d’amphibiens. Au contraire, ce champignon agressif a pratiquement décimé la population néerlandaise de Salamandres tachetées et est actuellement à l’origine d’un taux de décès massif parmi les salamandres du sud de la Belgique. Le B. salamandrivorans ne semble pas s’attaquer aux animaux sains. Fort heureusement, les grenouilles et crapauds semblent être insensibles à cette infection.

Outre les champignons, des virus peuvent aussi menacer nos amphibiens indigènes. Des ranavirus peuvent aussi infecter un très grand nombre d’amphibiens (en principe, tous nos amphibiens indigènes), et peuvent causer de nombreux décès dans certaines circonstances. C’est le cas actuellement aux Pays-Bas. A ce jour, aucune épidémie de ranavirus n’a encore été signalée en Belgique chez les amphibiens sauvages mais bien chez ceux en captivité. La recherche a démontré que le ranavirus était présent dans la population belge d’Ouaouarons. Les épidémies chez les amphibiens vivant à l'état sauvages aux Pays-Bas, et la présence du ranavirus en Belgique chez les Ouaouarons et d'autres amphibiens en captivité, font que ce virus représente une menace permanente pour nos espèces indigènes d’amphibiens.

Historique en Belgique

Le Bs a été découvert pour la première fois en Belgique en décembre 2013 sur des Salamandres tachetées à Eupen, puis en avril 2014 sur des Salamandres tachetées à Robertville et en avril 2015 à Liège, toujours chez la même espèce. L’infection y a causé de nombreux décès chez les Salamandres tachetées.

Début mai 2015, ce champignon a été rencontré pour la première fois en Flandre sur 2 Tritons alpestres à Duffel, via la surveillance passive de l’ANB. Le dépistage des animaux infectés s’est fait grâce à une bonne collaboration avec l’Université de Gand, Natuurpunt et le groupe de travail Hyla. Le derme des deux Tritons alpestres testés à l’Université de Gand s’est révélé clairement positif à la présence du champignon Bs. Etant donné qu’il s’agissait d’exemplaires congelés, on ne peut pas dire avec certitude si les animaux sont effectivement morts suite à l’infection fongique. L’étude de 43 autres tritons de la même mare n’a pas révélé de nouvelles traces du champignon. Il n’y a pas de Salamandre tachetée à cet endroit.

Néanmoins, il convient d’augmenter le niveau de vigilance. Ces données indiquent en effet que la propagation de ce champignon se poursuit dans notre pays, ce qui constitue une menace pour nos populations de salamandres. En ce qui concerne la découverte à Duffel, la seule conclusion qui peut être tirée est que l’ADN du champignon a été retrouvé sur des Tritons alpestres mais il n’est pas certain que ce soit le Bs qui soit à l’origine du décès. On ne sait pas non plus pourquoi aucun autre individu infecté n’a été retrouvé dans la même mare.

Dispersion du Bd et du Bs

On n'a pas encore établi comment le Bs se dispersait d'un endroit à l'autre. Il se disperse probablement en profitant du déplacement de matériel (nasse, épuisette, bottes, etc.) avec lequel il a été mis en contact, ainsi que suite à l'écoulement d'eau contaminée ou encore suite aux déplacements d'amphibiens contaminés. Les activités humaines pouvant potentiellement être une source de dispersion des spores de ce champignon, il convient, lors du travail de terrain dans et aux alentours de zones forestières et de mares, de respecter un protocole de sécurité pour éviter le transfert de contamination.

Mesures de précaution lors des activités de terrain

Vous trouvez ici toutes les informations sur la façon la plus sûre d’effectuer le travail de terrain afin d'éviter la dispersion de ce champignon et d'autres agents pathogènes. Ces mesures de biosécurité doivent être prises pour TOUS les travaux de terrain réalisés SUCCESSIVEMENT dans les différents habitats des amphibiens, ainsi qu'autour des zones forestières et des mares, peu importe qu'il s'agisse ou non d'activités ciblées sur la faune ou la flore. L'application de simples mesures de désinfection des vêtements et du matériel est en effet très efficace pour réduire les risques de dispersion du champignon.

Appel à signaler les cadavres et à les récupérer

Afin de pouvoir étudier la présence de ces agents pathogènes, Bruxelles Environnement, Natuurpunt (et son groupe de travail Hyla), et Natagora organisent une surveillance passive des amphibiens vivant à l’état sauvage. Vous pouvez vous aussi y contribuer. Il est très important que toute mort suspecte d'un amphibien soit signalée et que les cadavres soient récupérés. Les amphibiens dont la cause de la mort ne peut pas être établie à première vue (p.ex. ni par prédation, ni victimes de la circulation, ni par noyade) peuvent être signalés auprès de biodiv@environnement.brussels .

Les citoyens qui trouvent un cadavre d’amphibien relativement frais et intact, sans trace de traumatisme (donc ni victime de la route, ni attaqué par des animaux, ni noyés) peuvent le récupérer pour qu’il soit soumis à une analyse épidémiologique.

Emballez alors le cadavre dans un double sac en plastique et contactez Bruxelles Environnement. Nous nous chargerons de venir chercher le cadavre et de l’amener au laboratoire.

Prévention de la dispersion de la chytridiomycose chez la Salamandre tachetée

Prescriptions de sécurité pour le travail de terrain

Les populations d'amphibiens connaissent une régression dramatique dans le monde entier et leur survie est menacée. Les maladies infectieuses que sont la chytridiomycose et la ranavirose jouent un rôle clé dans ce déclin. Rien n'indique que ces maladies infectieuses sont nocives pour l'être humain. L'agent pathogène de la chytridiomycose est le champignon Batrachochytrium dendrobatidis, tandis que les agents pathogènes de la ranavirose sont les ranavirus. Ces agents pathogènes sont également présents en Belgique. Mais pour l'heure, nous ne connaissons pas encore leur impact sur les populations d'amphibiens en Belgique.

La présence de Batrachochytrium salamandrivorans a également été constatée récemment en Belgique (décembre 2013). Ce champignon décrit récemment a amené la Salamandre tachetée à la limite de l'extinction aux Pays-Bas. L'apparition de ce champignon en Belgique est préoccupante étant donné l'impact négatif potentiel sur les populations de Salamandre tachetée en Belgique.

Il n'a pas encore pu être établi comment le Batrachochytrium salamandrivorans se dispersait d'un endroit à l'autre. Il se disperse probablement en profitant du déplacement de matériel (nasse, épuisette, bottes, etc.) avec lequel il a été en contact, ainsi que suite à l'écoulement d'eau contaminée ou encore suite aux déplacements d'amphibiens contaminés. Les activités humaines pouvant potentiellement être une source de dispersion des spores de ce champignon, il convient, lors du travail de terrain dans et aux alentours de zones forestières et de mares, de respecter un protocole de sécurité pour éviter le transfert de contamination.

Nous vous indiquons ci-dessous comment favoriser la sécurité lors du travail de terrain, afin d'éviter la dispersion de ce champignon et d'autres agents pathogènes. Ces mesures de biosécurité doivent être prises pour TOUS les travaux de terrain réalisés SUCCESSIVEMENT dans les différents habitats des amphibiens, ainsi qu'autour des zones forestières et des mares, peu importe qu'il s'agisse ou non d'activités ciblées sur la faune ou la flore. L'application de simples mesures de désinfection des vêtements et du matériel est en effet très efficace pour réduire les risques de dispersion du champignon.

Mesures générales de biosécurité

  • Ne manipulez des amphibiens que si c'est vraiment nécessaire.
  • Relâchez-les toujours à l'endroit où vous les avez capturés.
  • Si vos mains entrent en contact avec l'eau ou avec des amphibiens, il est conseillé de porter des gants jetables (non poudrés). Utilisez exclusivement des gants en vinyle car des gants en latex peuvent occasionner la mort des amphibiens. En l'absence de port de gants, les mains doivent être désinfectées lorsque vous quittez un endroit, à l'aide d'un gel désinfectant pour les mains.
  • Tout matériel qui a été utilisé à un endroit doit être nettoyé et désinfecté avant de passer à l'endroit suivant.
  • Si vous êtes entré dans l'eau, ou si vous êtes entré en contact avec de l'eau ou de la boue, les chaussures, les bottes, les cuissardes, etc. doivent être soigneusement nettoyées et désinfectées.
  • Il n'est pas encore prouvé que le champignon se disperse à la faveur des pneus des véhicules, mais mieux vaut stationner la voiture un peu plus loin sur un sentier pourvu d'un revêtement plutôt que sur le sol (boueux).

Les amphibiens morts et/ou malades, dont la cause de la mort n'est pas identifiable à première vue, représentent un risque important. Manipulez-les uniquement avec des gants.

Comment désinfecter le matériel?

  • enlevez les morceaux de plantes, les mottes de boue, etc.
  • rincez à l'eau
  • désinfectez selon les instructions ci-dessous, à bonne distance des eaux de surface:
    • préparez une solution à 1% de Virkon® et vaporisez-la avec un vaporisateur manuel sur tout le matériel de terrain, attendez que le matériel soit totalement sec avant de le réutiliser
    • veillez à ce que le Virkon n’entre surtout pas en contact direct avec des amphibiens, par exemple par le biais des baquets vaporisés de Virkon, dans lesquels des amphibiens sont ensuite rassemblés en vue d’un échantillonnage ou de mesures. Dans ce cas, il convient de rincer le matériel après qu'il ait été désinfecté
    • ne jetez pas la solution nettoyante usagée dans la nature
    • lavez-vous les mains avec un gel désinfectant pour les mains
  • s'il vous est impossible de nettoyer le matériel sur place, emportez-le dans des sacs en plastique et faites-le à la maison
  • une autre méthode pour désinfecter le matériel consiste à le chauffer 30 minutes à 60°C (ce qui veut dire que le matériel proprement dit doit rester à 60°C durant 30 minutes et que le temps de chauffe n'est donc pas comptabilisé)

Conseil pour des actions concrètes

Pour les actions de traversée de batraciens, chaque bénévole dispose de 1 set de matériel (= bottes, seau) par endroit qu’il ne peut pas utiliser à un autre endroit. Une fois les opérations terminées à un endroit, il convient de se désinfecter les mains avec un gel désinfectant pour les mains ou de jeter les gants jetables en vinyle.

Dans le cadre des projets éducatifs, les groupes ne peuvent visiter qu'un seul plan d'eau douce par jour et le matériel utilisé à cette occasion doit être soigneusement nettoyé et désinfecté.

Pour l'inventaire des amphibiens, le matériel est nettoyé et désinfecté chaque fois que l'on change d'endroit ou un set de matériel distinct est prévu pour chaque endroit (épuisette, nasse, seau, bottes). Une fois désinfecté, le matériel doit être totalement sec avant de pouvoir être réutilisé.

Pour tous les inventaires et les opérations dans des habitats d'amphibiens, avec du matériel utilisé dans des canaux, des rivières, des ruisseaux et des eaux stagnantes, tout le matériel doit être soigneusement nettoyé et désinfecté avant et après les opérations.

Si vous rencontrez des individus morts dont la cause du décès n'est pas claire à première vue (p.ex. prédation, victimes de la route, noyade), prenez contact avec Bruxelles Environnement. Les cadavres intacts, ne portant pas de trace de traumatisme (donc pas les victimes de la route ni les cadavres attaqués par des animaux) et qui sont relativement frais, seront récupérés pour analyse.

  • Emballez alors l'animal dans un double sac en plastique et stockez-le au réfrigérateur.

Ces prescriptions de sécurité sont conformes au plan d'action belge Bsal. Pour tout renseignement complémentaire, contactez Bruxelles Environnement.

Date de mise à jour: 10/01/2018